Более тридцати лет Саяно-Шушенского биосферный заповедник ведет экологический мониторинг зоны возможного влияния Саяно-Шушенского гидроэнергокомплекса. Специалисты проводят наблюдения и оценку формирования флоры и фауны в условиях водохранилищ и на Енисее в Минусинской котловине, республиках Тыва и Хакасия. На основе анализа разрабатываются рекомендации по компенсационным и природоохранным мероприятиям.
После аварии на Саяно-Шушенской ГЭС кроме обычного объема плановых работ проведены мониторинговые наблюдения на пунктах контроля в нижнем бьефе ГЭС.  Кроме того, специалисты уточнили схему экологического мониторинга в пределах зоны возможного влияния гидроэнергокомплекса в Красноярском крае, республиках Тыва и Хакасия.
По результатам анализа данных, полученных с 18 августа по 30 октября 2009 г. на водохранилище СШГЭС и Енисее в нижнем бьефе, в фауне, населении и экологии наземных позвоночных животных (земноводных, пресмыкающихся, птиц, млекопитающих) не выявлено изменений, связанных с послеаварийной ситуацией. Об этом заявил заместитель директора Саяно-Шушенского биосферного заповедника по научной работе, кандидат биологических наук, заслуженный эколог РФ Валерий Стахеев на заседании Координационного Совета, на котором подводились итоги деятельности и перспективы развития Саяно-Шушенского биосферного заповедника.
В минувшем году проведен комплексный учет животных на территории заповедника, в охранной зоне и смежных территориях правобережья Енисея. В ходе работ подсчитана численность таких животных, как сибирский горный козел, марал, косуля, кабан, медведь, волк, беркут, балобан, скопа, степная пустельга, алтайский улар, водоплавающие птицы. Кроме того, в Саяно-Шушенском биосферном заповеднике сохранены редчайшие виды фауны, среди которых снежный барс – ирбис. На каждые 10 кв. км территории заповедника приходится один снежный барс. Это самая высокая плотность расселения этого зверя в мире.
Во время проведения исследований на территориях, прилегающих к Саяно-Шушенскому гидроэнергокомплексу, выделены ценные орнитологические комплексы. Они регистрируются как ценные ключевые территории России международного значения и включены в специальную международную природоохранную программу «Important Bird Areas» (IBA) и программу Союза охраны птиц России «Ключевые орнитологические территории».
Директор Саяно-Шушенского биосферного заповедника Александр Рассолов во время заседания Координационного Совета обратил внимание на особенности зонирования Саяно-Шушенского заповедника, имеющего биосферный статус. Он состоит из зоны ядра с режимом строгой охраны, охранной зоны и обширной зоны сотрудничества, куда входят территории граничащих с заповедником субъектов. Такое зонирование является оптимальным, так как позволяет вести комплексную охрану, научные исследования и работу с населением. Он подчеркнул, что научные исследования являются основой для разработки, апробирования и внедрения в регионе методов рационального природопользования. Спецификой научного профиля биосферного заповедника является организация и внедрение результатов соответствующих работ не только на собственной территории, но и в смежных районах региона.